A l’intérieur de l’huitres, se trouvent différents organes : un cœur, un foie, deux reins et un circuit de circulation sanguine (invisible, car son sang est incolore). L’ensemble est protégé par un tissu conjonctif appelé le manteau et par deux coquilles mobiles en carbonate de calcium et conchyoline.

Le manteau, en plus de protéger les organes, joue un rôle essentiel car il est bordé de trois bourrelets aux fonctions bien distinctes.
- Le premier secrète le carbonate de calcium qui est le composant principal de la coquille.
- Le deuxième est un palpeur sensoriel, un muscle tentaculaire qui se rétracte quand l’huitre est bien vivante.
- Le troisième, également équipé de tentacules, contrôle l’entrée d’eau au niveau des branchies.

L'huître comme tous les bivalves (animaux composés de 2 coquilles), est un animal filtreur. Elle pompe l'eau de mer pour capter les particules essentielles à son alimentation et à sa respiration. Elles pompent 5 à 16L d’eau par heure en régime normal.

Les branchies captent l’oxygène par diffusion de l’eau de mer dans les vaisseaux sanguins. Le cœur, comme chez l’humain, fait circuler le sang. Il se charge donc en oxygène au niveau des branchies, irrigue les organes et déchargent ses déchets au niveau des reins.

Les branchies retiennent également à leur surface les particules en suspension dans l’eau et destinées à l’alimentation. Enrobées par le mucus, elles sont conduites par pompage à la bouche grâce aux cils des palpes qui entourent cette dernière. Les aliments se dirigent ensuite dans un court œsophage puis à l’estomac entouré de diverticules digestifs qui se terminent par l’anus. Il faut 1h20 à 2h30 à un aliment pour parcourir le système digestif de l’huitre (7 à 10h pour l’être humain). Les phytoplanctons, de minuscules particules végétales, constituent l’aliment principal des huitres.

La coquille se colore en fonction de l’alimentation qui dépend de l’environnement dans lequel l’huitre se trouve : elle sera plus claire sur un sol sableux que sur un sol vaseux. Les 2 valves de l’huitre (la coquille) sont reliées par la charnière et s’ouvrent ou se ferment grâce à l’action du muscle adducteur. Il est composé de deux parties : l’une pour fermer les deux valves sur une durée brève et l’autre pour une durée plus longue.